廿TT

譬如水怙牛過窓櫺 頭角四蹄都過了 因甚麼尾巴過不得

スパークライン風のカプランマイヤープロット

今日の川柳

層分けが多くなると凡例と見比べるのが大変なのでなんとかしたいと思った。

普通にプロットする。

f:id:abrahamcow:20171114233556p:plain

はい。

スパークライン風にプロットするとこんな感じかなあ。

f:id:abrahamcow:20171114233838p:plain

累積イベント発生率が25%に達する点、50%に達する点、75%に達する点に赤っぽい丸、最後のイベント発生に黒い丸をうっている。

また背景のグレーの帯は25%〜75%の範囲を示している。

以下 R の コードです。

library(survival)
library(tidyverse)
library(survminer)
lung2 <- lung %>% 
  filter(ph.ecog!=3)
sf <-survfit(Surv(time,status)~sex+ph.ecog,data=lung2)

ggsurvplot(sf,fun = "event")

sf_df <-data_frame(time=sf$time,event=1-sf$surv,strata=rep(sub("treat=","",names(sf$strata)),sf$strata))

strata=cumsum(sf$strata)
max_df<-data.frame(strata=names(strata),
                   time=sf$time[strata],
                   event=1-sf$surv[strata])

sf_q <-quantile(sf,probs = c(0.25,0.5,0.75))

q_df<-sf_q$quantile %>% 
  as_data_frame() %>% 
  mutate(strata=rownames(sf_q$quantile)) %>% 
  gather(q,time,-strata) %>% 
  mutate(event=as.numeric(q)/100)

theme_spark <- function (base_size = 11, base_family = "") {
  theme_grey(base_size = base_size, base_family = base_family) %+replace%
  theme(panel.background = element_rect(fill = "white",colour = NA),
        panel.grid =element_blank(),
        axis.title=element_blank(),
        axis.line.y = element_blank(),
        panel.border = element_rect(color = "black",fill=NA),
        strip.text.x = element_blank(),
        strip.text.y = element_text(angle = 0),
        strip.background = element_blank())
}
ggplot(sf_df,aes(x=time,y=event))+
  annotate("rect",xmin=0,xmax=max(sf$time),ymin=0.25,ymax=0.75,
           alpha=0.35,fill="gray")+
  geom_step()+
  geom_point(data=max_df)+
  scale_y_continuous(breaks=c(0.25,0.75))+
  geom_point(data=q_df,aes(x=time),colour="salmon",size=2)+
  facet_grid(strata~.)+
  theme_spark(16)

abrahamcow.hatenablog.com

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