廿TT

譬如水怙牛過窓櫺 頭角四蹄都過了 因甚麼尾巴過不得

グラフ

Turnbull のアルゴリズム(R の survival パッケージ)を用いた新型コロナウイルスの潜伏期間の推定

COVID-19 の潜伏期間をrstanで推定する - 驚異のアニヲタ社会復帰の予備 の紹介で知った。 https://docs.google.com/spreadsheets/d/1jS24DjSPVWa4iuxuD4OAXrE3QeI8c9BC1hSlqr-NMiU/edit#gid=1449891965 に,感染者が新型コロナウイルスのある地域への暴露を…

ggplot2 などのモダンなパッケージを使わずにトピックモデルのパラメータを可視化したい

腸内細菌のデータを使います。 説明は気が向いたら書きます。 library(curatedMetagenomicData) plot.minibarTable <- function(tab,layoutMat,leftmargin=15, col="black"){ oldpar <- graphics::par(no.readonly = TRUE) N <- length(tab) ran <-c(0,max(s…

geom_pointrangeみたいなやつを並べて書きたい

set.seed(1) meanse <- lapply(1:7, function(i)cbind(mean=rnorm(10,0,2),se=rexp(10))) names <- sapply(1:10,function(i)paste0(sample(LETTERS,10),collapse = "")) tab <- list(meanse=meanse,names=names) class(tab) <- "seTable" plot.seTable <- fu…

棒グラフをとにかくいっぱい並べて書きたい

set.seed(2) y <- lapply(1:7, rexp, n=26) names(y) <- sapply(1:7, function(x)paste0(sample(LETTERS,10),collapse = "")) tab <- list(y=y,x=LETTERS) class(tab) <- "minibarTable" plot.minibarTable <- function(tab,...){ oldpar <- graphics::par(n…

可視化で理解するKPIツリー:コンバージョンの寄与度分解

背景 昔Web系コンサルをやっていたときKPIツリーとかを習ったんだけどぼくはこれが苦手だった。 例えばあるサイトのコンバージョン(CV)はサイトへの訪問数(SS)×コンバージョンレート(CVR)だからコンバージョンというゴールを増やしたかったら、SSを増…

腸内細菌叢のデータで遊ぼう(Kostic et al, 2015)

Kostic et al, 2015 (https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(15)00021-9) では、乳幼児の腸内細菌叢のコホート研究をおこなっています。その結果として、腸内細菌の種の多様性は年齢とともに増加する傾向があるが、糖尿病を発症する群…

ggbrick: histogram like dot plot based on ggplot2

Hello everyone. I introduce an R package ggbrick. github.comMy English is poor. If you don't understand my writing, please use comment field (コメントを書く).ggbrick provides the function geom_brick which is a fun alternative to geom_violi…

ggplot2でヒストグラムを箱ひげ図風に並べてプロットするパッケージggbrickを書いた

English version: abrahamcow.hatenablog.comgithub.comggtetrisって名前にしようかと思ったんだけど、もうある(GitHub - EmilHvitfeldt/ggtetris: Create Tetris Chart Visualizations in R)みたいなので、ggbrickにしました。brickはレンガっていう意味…

[ggplot2]ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット(3)

追記:パッケージ化したのでこちらを参照してください→ggplot2でヒストグラムを箱ひげ図風に並べてプロットするパッケージggbrickを書いた - 廿TT 進捗です。 [ggplot2]ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット - 廿TT [ggplot2]ヒストグラムを箱ひげ…

[ggplot2]ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット(2)

追記:パッケージ化したのでこちらを参照してください→ggplot2でヒストグラムを箱ひげ図風に並べてプロットするパッケージggbrickを書いた - 廿TT [ggplot2]ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット - 廿TT をちょっと修正しました。こんな感じです。 so…

[ggplot2]ヒストグラムを箱ひげ図風に並べるプロット

追記:パッケージ化したのでこちらを参照してください→ggplot2でヒストグラムを箱ひげ図風に並べてプロットするパッケージggbrickを書いた - 廿TT geom_dotplot(ggplot2/geom-dotplot.r at master · tidyverse/ggplot2 · GitHub)をちょっといじりました。…

殺人事件の最近の傾向(平成19年から28年)

「殺人事件が年々増えているというのはメディアが作った嘘で実際は減少している」みたいな言説を最近よく聞く気がします。ぼくはテレビ見ないし新聞も読まないので(見たほうがいいのはわかってるけど)メディアがどういう報道をしてるのかは知らない。そこ…

ggplot2で検索クエリのワードクラウド

ただパッケージ動かしてみたってだけなんですけど。はい。ぼくは原則的にはワードクラウドを使う必要ない(棒グラフのほうが優れている)と思っているんですけど、最近軟弱になってきてる。 library(searchConsoleR) library(ggwordcloud) scr_auth() sc_web…

ggplot2 で内訳を左から右に詳細化していく棒グラフ (2)

以前にこんなのを書いたんだが、 ggplot2 で内訳を左から右に詳細化していく棒グラフ - 廿TT 新しいgeomを作るまでもないことに気がついた。 library(tidyverse) make_drilldown <- function(data,dimensions,metrics){ len <- length(dimensions) out <- ve…

ggplot2とpatchworkでヒートマップの周辺度数をプロット

パッチワークパッケージ(GitHub - thomasp85/patchwork: The Composer of ggplots)は便利ですね。 library(tidyverse) library(patchwork) data("author",package = "ca") author_t <- as_data_frame(author) %>% mutate(title=rownames(author)) %>% gath…

打ち切りデータを扱うために前に書いた R の関数群をパッケージ化しました

R の自分用の関数がごちゃごちゃしてきたのでパッケージ化して整理しようとしているのです。tidysurv とかいう恐れ多い名前をつけてしまった……。GitHub - abikoushi/tidysurv: R package for censored data handlingまだ作りかけです。dplyr、ggplot2 と sur…

ggplot2 のためのいくつかの関数をパッケージ化しました

まだ説明とかぜんぜん書いてない。GitHub - abikoushi/ggsomestat: Some stat in ggplot2インストールは devtools::install_github("abikoushi/ggsomestat") で、たぶんいけます。練習用にsearchConsoleというsearchConsoleからとってきたデータが入ってます…

ggplot2 でミニ棒グラフ行列を描画する geom_barmatrix を書きました

library(tidyverse) geom_barmatrix <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity",position ="identity", ..., width = NULL, binwidth = NULL, na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) { layer( data = data, mapping = map…

TikzのBayesNetライブラリでプレート表現を書いてみる

プレート表現については、たしか『実践 ベイズモデリング 』などに解説がある。実践 ベイズモデリング -解析技法と認知モデル-作者: 豊田秀樹出版社/メーカー: 朝倉書店発売日: 2017/01/25メディア: 単行本(ソフトカバー)この商品を含むブログ (2件) を見…

目で見る尤度関数(『ベイズ統計の理論と方法』より)

変量効果モデルとAICと目で見る尤度関数の学習記録 - 霞と側杖を食らう のご指摘を受け、コードのミスを修正しました。 (元の記事では sample.int から生成したYを使い忘れていた)ありがとうございます。『ベイズ統計の理論と方法』1.4節の例を R でやって…

Rcpp: カーネル密度推定のバンド幅を一個抜き交差検証法で決める

バンド幅 h をいろいろ変えて一個抜き交差検証法で評価した対数尤度が結構なめらかな形になったのでブレント法で最適なバンド幅を選んでみた。対象としたデータはこれ。h をいろいろ変えて一個抜き交差検証法で評価した対数尤度のプロットはこちら。選ばれた…

[googleAnalyticsR]調整済みオッズ比の四半期比較プロット

とりあえず図とコードだけ貼ります。縦の棒はオッズ比の95%信頼区間です。 library(googleAnalyticsR) library(tidyverse) library(lubridate) ##### ga_auth() account_list <- ga_account_list() ga_id <- account_list$viewId[3] gadata <- google_analyt…

精神疾患の軽症化

精神疾患の軽症化が進んでいる。統合失調症の新規発症が激減し、入院を要するレベルの気分障害がほとんどいなくなり、病棟経営の支えである慢性の統合失調症患者は急速に高齢化が進んでいる。地域移行を進めるまでもなく精神科病床数は今後10年で確実に激減…

色付きミニ棒グラフ(searchConsoleR)

色付き棒グラフ行列(ggplot2) - 廿TT で書いた theme_spark でもうちょっとあそんでみる。 theme_spark <- function (base_size = 11, base_family = "") { theme_grey(base_size = base_size, base_family = base_family) %+replace% theme(panel.backgro…

色付き棒グラフ行列(ggplot2)

『StanとRでベイズ統計モデリング』12章のデータを使いますStanとRでベイズ統計モデリング (Wonderful R)作者: 松浦健太郎,石田基広出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2016/10/25メディア: 単行本この商品を含むブログ (9件) を見るGitHub - MatsuuraKentaro…

[R+Google アナリティクス]リセンシーどこで切るチャート

アクセス解析の分野ではユーザーの離脱率や維持率を把握したいというニーズがあります。しかし、離脱するユーザーは単にサイトへの訪問を止めるだけで、わざわざ離脱を申告することはめったにありません。このような場合、例えば 「3ヶ月訪問がなければ離脱…

Rによる打ち切りデータのヒストグラム (ggplot2)

追記:一応パッケージ化しました。 abrahamcow.hatenablog.com 生存関数のプロットは便利だけど密度関数のプロットと比べると分布の形状を把握しにくい。そこで打ち切りデータのヒストグラムというのが提案されている(Huzurbazar, A. V. (2005). A Censored…

Rによる打ち切りデータの箱ひげ図

右打ち切りのあるデータを視覚化するのにはカプラン・マイヤープロットが便利です。しかし層の数が多くなると判例と見比べるのが大変になる。そこである程度情報を落としてプロットしてもいいかなと思い、打ち切りデータの箱ひげ図を提案にします。make_q_df…

スパークライン風のカプランマイヤープロット

層分けが多くなると凡例と見比べるのが大変なのでなんとかしたいと思った。普通にプロットする。はい。スパークライン風にプロットするとこんな感じかなあ。累積イベント発生率が25%に達する点、50%に達する点、75%に達する点に赤っぽい丸、最後のイベント発…

[googleAnalyticsR]再発事象のカプラン・マイヤープロット

survrec っていうパッケージもあるらしいけど慣れてないので survival を使います。どのチャネルが再来訪しやすいのか、何日くらいの間隔で何パーセントくらい戻ってくるのかがわかります。 library(googleAnalyticsR) library(tidyverse) library(survival)…